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メール転送設定をしている場合、転送されるメールもアンチウィルス機能は有効ですか。

はい。有効です。

アンチウィルス機能でウィルスを検知した場合、ウィルスを検知して削除した旨を【送信元(From)メールアドレス宛】にメールで通知をします。