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SSL用のホームページデータはどこにアップロードすればよいですか？

独自SSLのご利用に際しては、SSL接続ではないアクセスのときと同一のフォルダが参照されます。
そのため、SSLのご利用に際して、ホームページデータをアップロードし直す必要はありません。

例：「www.example.com」に対してSSLを適用した場合、「https://www.example.com/」のアクセスに際して、http://www.example.com/ と同一のデータを参照します。