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独自SSLで発行される証明書の署名アルゴリズムはSHA-2ですか？

はい、すべてのブランドとも、発行されるSSL証明書の署名アルゴリズムは「SHA-2」です。

なお、2014年12月4日以前よりSSL証明書をご利用で、2016年1月1日以降が有効期限日のSHA-1証明書については、SHA-2を用いた証明書として再発行することが可能です。

詳細は、SSL証明書の署名アルゴリズム「SHA-2」への移行について(2014/12/19) ＞ 証明書の再発行によるSHA-2への移行方法についてをご参照ください。