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サーバー移転の際に、事前に独自SSLを設定しておくことは可能ですか？

はい、可能です。
無料独自SSL、オプション独自SSL、それぞれの設定方法は以下をご確認ください。

無料独自SSLの場合

サーバーパネルの「SSL設定」から設定が可能です。
事前に設定をする場合は、移転元にて「Web認証」または「DNS認証」が必要です。

詳細は「無料独自SSL設定」マニュアル内の「他社サーバーですでに運用中のサイトに対して無料独自SSLを事前に設定する」をご確認ください。

オプション独自SSLの場合

XServerアカウントのSSL証明書メニュー「追加申し込み」よりお申し込みください。
事前に設定する場合は、「DNS認証」は利用できません。
「メール認証」にて認証作業を行っていただく必要があります。

詳細は「オプション独自SSLのお申し込み」のマニュアルをご確認ください。